Общее впечатление, которое создают оставшиеся страницы манускрипта, позволяет предположить, что он предназначался для того, чтобы служить фармакопеей или отдельными темами книги средневековой или более ранней медицины. Однако сбивающие с толку детали иллюстраций питают множество теорий о происхождении книги, содержании её текста и цели, для которой она была написана. Далее изложены несколько таких теорий.

Гербалистика

С большой долей уверенности можно сказать, что первая часть книги посвящена травам, но попытки сравнить их с реальными образцами трав и со стилизованными рисунками трав того времени в целом провалились. Несколько растений: анютины глазки, папоротник адиантум, лилия, чертополох — могут быть определены достаточно точно. Те рисунки из «ботанического» раздела, которые соответствуют наброскам из «фармацевтического» раздела, производят впечатление их точных копий, но с отсутствующими частями, которые дополнены неправдоподобными деталями. Действительно, многие растения кажутся составными: корни одних экземпляров сцеплены с листьями от других и с цветами от третьих.

Подсолнечники

Брамбо (Brumbaugh) считал, что одна из иллюстраций изображает подсолнечник Нового Света. Если бы это было так, это могло помочь определить время написания манускрипта и открыть интригующие обстоятельства его происхождения. Однако сходство очень незначительное, особенно если сравнивать рисунок с настоящими дикими образцами, а так как его масштаб не определён, то изображённое растение может быть другим членом этого семейства, которое включает одуванчик, ромашку и другие виды по всему миру.

Алхимия

Водоёмы и каналы в «биологическом» разделе могут означать связь с алхимией, что могло бы иметь значение, если бы книга содержала инструкции по приготовлению медицинских эликсиров и смесей. Однако для алхимических книг того времени характерен графический язык, где процессы, материалы и компоненты изображались в виде особых картинок (орёл, лягушка, человек в могиле, пара в постели и т. д.) или стандартных текстовых символов (круг с крестом и т. д.). Ни один из них не может быть убедительно идентифицирован в манускрипте Войнича.

Алхимическая гербалистика

Серджио Торезелла (Sergio Toresella), эксперт по палеоботанике, отмечал, что манускрипт мог быть алхимической гербалистикой, которая на самом деле не имела ничего общего с алхимией, но была фальшивой книгой травника с выдуманными картинками, которую лекарь-шарлатан мог носить с собой, чтобы производить впечатление на клиентов. Предположительно, существовала сеть домашних мастерских по производству таких книг где-то в северной Италии, как раз во времена предположительного написания манускрипта. Однако такие книги значительно отличаются от манускрипта Войнича и стилем и форматом, кроме того, все они были написаны на обычном языке.

Астрологическая ботаника

Астрологические исследования часто играли заметную роль при сборе трав, кровопускании и других медицинских процедурах, которые проводились в благоприятные числа, расписанные в астрологических книгах (например, книги Николаса Калпепера (Nicholas Culpeper)). Однако за исключением обычных зодиакальных символов, изображения 24-часового дня, года, состоящего из 12 месяцев, времён года и одной диаграммы, возможно, изображающей классические планеты, никто пока не смог интерпретировать иллюстрации в рамках известных астрологических традиций (европейских или любых других).

Микроскопы и телескопы

Круговой чертёж в «астрономическом» разделе изображает объект неправильной формы с четырьмя изогнутыми секторами; некоторые интерпретируют его как изображение галактики, которое могло быть получено только с помощью телескопа. Другое изображение было интерпретировано как клетка живого организма, наблюдаемая через микроскоп. Это позволяло предположить, что время создания манускрипта — не Средневековье, а более поздний период. Однако сходство является достаточно сомнительным, так как при ближайшем рассмотрении центральная часть «галактики» больше похожа на бассейн.

...продолжение на следующей странице...